经过半个月左右的紧张筹备和施工修缮，九江版“小汤山医院”九江市三医院马祖山分院2月11日正式投入到正常的使用中。当天下午，第一批来自都昌、湖口、彭泽的16名确诊病人转移到马祖山分院进行及时有效的治疗。首批入驻的医疗队配备5名医生、15名护士。
市三医院马祖山分院在非典时期就已完成了房屋的建设，但功能不够完善，长期处在闲置状态。这次新冠肺炎疫情发生后，我市决定启用马祖山分院。按照九江市委、市政府部署，由市城管局作为责任单位，市市政局作为业主单位，立即帮助市三医院马祖山分院完成污水连接管应急工程建设，确保九江市新型冠状病毒感染的肺炎患者得到及时、有效的治疗。
经过市三医院前期紧张的工作筹备，目前，分院负压病房、中心供氧已经到位，移动X光机、移动彩超等相关医疗设施配套到齐。马祖山分院设置床位100床，分普通病房和负压隔离病房。负压隔离病房采用隔离通风系统中心供氧，还配备了呼吸机、心内监护仪等设备。投入到正常的使用中后，该分院将作为九江市级防疫定点医院，承担此次新冠病毒感染的肺炎病人诊治及隔离观察、疑似病例和确定诊出的病例应急救治等艰巨任务。马祖山分院还得到市卫健委的全力支持，组建了后备志愿队。
市三医院马祖山分院污水连接管应急工程于1月31日正式开工建设，2月9日完工。该工程基本功能是将医疗污废水通过消毒净化后，排入市政污水管网，最终进入姑塘污水处理厂深度处理，避免病毒通过污水传播，规避环境污染。
